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测序后如何分析基因突变?

归档日期:07-07       文本归类:多态性      文章编辑:爱尚语录

  1. 假设你测的是一个基因的序列,如果已知这个基因的序列,则将你测序得到的基因序列与已知的序列相比对,分析看两者在哪个地方不对应,不对应的地方即为突变的地方。比对的软件有sequencher,或者去NCBI网站点击BLAST进行。

  2. 如果你测的是一个以前未知的序列,那么要测几个不同的单克隆,将测得的结果进行比对,分析一致的地方以及不一致的地方。更多追问追答追问您好!我做的是幽门螺杆菌,如我测的是cagA,在NCBI上找的基因序列,请公司设计了引物,跑了PCR,电泳也出现了目的条带,纯化PCR产物送公司测序,得到扩增后的片段,是和NCBI上我找的那个基因序列做对比?还是和标准菌株的做对比?我的实验思路是对的吗?谢谢!追答实验思路正确。两种比对都可以。

  先和NCBI上的比对(因为毕竟是权威),如果有出入,那么多扩增几次(至少三次),再去测序,然后比对,如果这三次结果都是同样的出入,那么可能是因为你扩增用的菌和NCBI上用的菌不一样,这时应该和标准菌株比。追问不好意思!再问一下,怎么使用Blast比对?怎么看结果?谢谢!追答进入NCBI网站,点击右侧BLAST,进入页面后,在框中输入你的序列,然后点击页面最下方BLAST按钮,等待结果就可以了。

  生物信息学方法贵在自己多动手尝试,不要怕耗费精力,也不要怕麻烦,自己多去试试。

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